Obszar parku należy do zlewni Wisły i jej lewego dopływu Wdy. Zwierciadło wód gruntowych występuje na ogół głęboko. Podczas wiosennych roztopów lub większych opadów woda zatrzymywana jest w niewielkich bezodpływowych zagłębieniach terenu. W dolinie o wysokich i stromych brzegach, płynie wykorzystywana turystycznie rzeka Wda. Charakteryzują ją duży spadek (ok 0,72 0/00), liczne meandry oraz zwężenia. Wzdłuż całego swojego biegu Wda przyjmuje liczne dopływy. Najważniejsze z nich to Ryszka (powierzchnia zlewni: 103,5km²), Sobińska Struga (103,3km²) i Prusina (101,2km²).

Typowym elementem krajobrazu są jeziora rynnowe – jezioro Piaseczno, jezioro Miedzno oraz wytopiskowe: jezioro Dury, Radolinek, Duży i Mały Trzebucz. W wyniku budowy elektrowni Żur i spiętrzenia wód Wdy nastąpiło podniesienie poziomu wody o 15m, zalanie dawnej doliny rzeki oraz licznych obniżeń. W ten sposób powstało sztuczne jezioro o powierzchni 440ha i 11km długości zwane Zalewem Żurskim. Nieliczne nie zatopine fragmenty terenu tworzą na Zalewie malownicze wyspy , wśród których największa zwana jest Maderą.

Obfitość rzek i jezior to prawdziwy raj dla flory i fauny. Obok pospolitych gatunków ryb w czystych wodach Wdy żyje pstrąg potokowy i rzadko spotykany lipień. Można tu spotkać okazałe szczupaki, sumy oraz troć jeziorową. Bytuje tu także różanka- mała, pięknie ubarwiona ryba, mająca ciekawe zwyczaje rozrodcze.